办公室（人才办）：承担文秘、机要、保密、档案、信息、督办、接待、政务公开、党建、人事、人才、纪检监察、法制、信访、社会保障以及机关财务、资产管理、后勤保障、计生管理等机关日常运转工作；负责机关离退休人员管理、服务工作；组织协调机关信息化建设工作；承担机关、事业单位的党群和精神文明建设工作；负责牵头宏观发展战略和政策研究。
经济发展局：根据政府规定负责编制和组织实施发展规划和年度计划；负责审批、核准、审核转报、备案投资项目；承担统计分析和考核检查工作；拟订产业发展政策；负责发展和改革、工业和信息化、商务、市场监管、科学技术等管理工作；负责重大文化产业项目的规划、建设、协调和管理。
财政与金融局：根据政府规定负责编制和组织实施财税发展规划、金融发展规划；负责筹集、管理和监督汕头华侨经济文化合作试验区、汕头海湾新区建设发展专项资金；负责开展金融创新试点和发展特色金融产业工作；负责编制和实施年度财政收支预决算草案，承担财政收支管理、财政监督、政府采购管理；负责投融资运营管理工作；负责财政、审计、国有资产监督管理、金融等管理工作。
投资服务局：负责核准涉及公共资源开发利用项目的竞争性配置方案；负责实施产业发展与投资扶持政策；负责招商引资和投资服务工作；承担行政服务集中相关工作。
文化发展局：根据政府规定负责编制和组织实施文化发展规划和年度计划；负责对外文化合作交流、宣传推介，服务华侨、华人、港澳台同胞及其社团、商会参与汕头华侨经济文化合作试验区、汕头海湾新区建设；负责教育、民族宗教事务、民政、文化广电新闻出版、卫生和人口计划生育、外事侨务、旅游、知识产权、体育、港澳台等管理工作。
建设与城市管理局：根据政府规定负责指导试验区公共服务设施和基础设施的建设管理工作；负责住房和城乡建设、水务、安全生产监督、地名管理和城市综合管理等工作，负责防台防风防汛等应急工作；
规划与生态环境局：根据政府规定承担编制和组织实施城市总体规划、土地利用总体规划、相关城乡规划和城市设计工作，负责自然资源、生态环境、海洋与渔业等工作。
市东部城市经济带建设开发管理中心：贯彻落实市委、市政府关于东部城市经济带规划建设开发政策措施，承担市东部城市经济带建设开发指挥部日常管理工作；负责拟订东部城市经济带建设开发管理的各项政策性文件和规章；负责东部城市经济带规划区内各类建设项目的监督管理及服务工作；负责东部城市经济带规划区内河口整治、堤围涵闸、市政公共配套设施、土地开发等项目的筹划申报、组织协调、招商引资、实施建设以及相关管理工作；负责东部城市经济带规划区内存量土地的具体管理工作；负责建设资金计划拟订和筹措安排等工作；承担市委市政府和指挥部交办的其他协调管理工作。
人才服务中心：负责贯彻落实华侨经济文化合作试验区人才优惠政策，承担试验区人才引进、人事代理、就业创业、职称评定申报等服务工作，承担创新创业载体管理以及博士后工作站、创新实践基地申报运作等工作，承办上级部门交办的其他工作。
公用事业服务中心：负责汕头华侨经济文化合作试验区直管区市政设施管养、环境卫生保洁、基础设施运营、水利设施管养的管理、监督、考核工作。