1月8日，中共广东省委副书记黄丽满在汕头市委书记庄礼祥陪同下视察保税区。
    1月23日，汕头市人民政府第31号令正式颁布实施《汕头经济特区保税区管理委员会行使市一级管理权限办法》。
    2月14日，汕头市人民政府任命陈文毓为汕头保税区管委会副主任。
    2月28日，为解决保税区企业用汇难问题，国家外汇管理局汕头市支局发布汕汇发字[1999]8号文《关于汕头保税区外汇管理有关问题的通知》。通知规定,重点保证保税区生产性企业的用汇；对货物分拨企业以及货到付款的贸易进口付汇，也可申请用汇。
    3月8日，中国农业银行汕头保税区支行正式挂牌营业。
    3月26日，汕头保税区和贵阳经济技术开发区经济技术协作恳谈会在保税区召开，10家保税区企业和开发区企业代表参加恳谈会，初步达成3宗合作意向。
    3月31日，中国开发区协会会长赵云栋、国务院体改委副司长刘培强、广东省体改委副主任罗木生率开发区、保税区联合考察团莅临汕头保税区参观考察。汕头市人民政府市长周日方会见了考察团一行。
    4月28日，汕头保税区私营企业协会成立。
    5月24日，海关总署署税[1999]361号文《海关总署关于同意更换汕头保税区专用码头的批复》，同意将广澳深水港码头作为汕头保税区专用码头。
    3-6月，根据汕头市人民政府的工作部署，结合我区实际，汕头保税区开展整顿机关作风活动。查摆机关作风存在的重点突出问题，剖析原因，达成共识，着手整改，进一步加强我区党建和机关建设，有效地促进全区各项工作的有序进行。
    结合贯彻省、市关于党政机关与所办经济实体和管理的直属企业脱钩的要求，认真做好直属企业的脱钩改制工作。开展直属企业专题调查，并进行清产核资，理清债权债务关系，界定国有资产产权，完成脱钩改制工作方案，提出分类处理意见，报市批准后，进入脱钩改制的实质性操作。至年底止，首批29家企业办理了脱钩手续。
    6月28日，汕头保税区和贵阳经济技术开发区在贵阳签署协议，正式缔结为友好区。
    7月17日，经中共汕头市委批准，许斯仕同志任保税区党委会书记，林加茂同志任党委会副书记。
    8月，在市政府和市外经贸委的支持下，保税区国际货物分拨中心和建设总公司在市区注册成立汇联、旭洋两家拥有特区进出口经营权企业，为保税区企业代理进出口业务，缓解保税区企业进出口经营权被撤销后，无法开展对外一般贸易的困难。
    10月1日起，汕头保税区在全市统计中实行统计单列。
    10月8日，汕头保税区和清华大学生物工程科技合作项目签约仪式在汕头市委会议厅举行。中共汕头市委书记庄礼祥，市政协主席郭斯锟，市委常委、常务副市长黄荣汉，人大常委会副主任吴立华，

汕头海关副关长刘湘清，清华大学副校长龚克等出席签约仪式。生物工程科技合作项目投资总额2亿元人民币，其中清华大学以其科研成果折份入股，占总投资的33%。该项目应用国家“九五”重点攻关项目的科研成果，在汕头保税区建设系统、完整的生物技术研究开发与生产基地，开发生产高分子聚酯、手性药物中间体、高强度航空材料前体DHCD等生物高科技产品。这些产品可广泛运用于军事、医学、农业等领域，具有广阔的市场前景。
    10月21日，‘99汕头经济特区国际食品博览会、全国商品（汕头）交易会暨国际潮剧节隆重举行。汕头保税区超声覆铜板生产项目、中旺化纤生产项目参加全市集中电视剪彩，正式投产。
同日，汕头保税区佳丰云母、万顺高级复合包装材料、宝田电视机、奋富针纺织品等五个生产性项目顺利投产。
    10月23日，汕头保税区国际货物分拨中心和贵阳经济技术开发区投资服务中心合作设立的出口产品展示中心正式开业。
    12月30日，汕头保税区综合档案管理通过市档案局检查验收合格，达标升级为省一级。