1月8日，汕头保税区召开全区加强机关作风建设，提高行政效能工作动员会。会议分析了保税区机关在作风效能方面存在的问题，决定加大力度整治机关作风，务必使机关作风整治行动快、措施实、见效大，切实提高行政效能。

    2月5日，威尔信（汕头保税区）动力设备有限公司得知市政府派驻四川汶川草坡乡地震救灾工作组在当地供电不足，缺乏发电机组提供备用电源的情况之后，马上捐出二台柴油发电机组支援灾区建设。市政府对口援助汶川草坡乡工作组通过保税区管委会向威尔信公司这种赈灾善举表达了由衷感谢。

    3月12日，海关总署广东分署副主任何力一行到我区调研、指导工作。何力表示，汕头市委、市政府，保税区管委会提出的区位调整，并向综合保税区（保税港区）转型的思路是正确的、合理的、切实可行的。广东海关分署和汕头海关态度非常明确，将大力支持汕头保税区申报区位调整并转型为综合保税区。

    3月31日，汕头保税区管委会向汕头市人民政府呈报《关于汕头保税区区位调整转型为综合保税区的请示》。

    4月2日，汕头市人民政府正式向广东省人民政府上报《关于汕头保税区区位调整转型为综合保税区的请示》。

    5月7日，海关总署加贸司吕伟红副司长在汕头海关及保税区海关有关领导的陪同下到我区调研。

    6月1日，管委会出台《汕头保税区促进企业上市发展引导资金管理办法》，对进入上市辅导期的企业给予资金扶持。

    6月8日，汕头保税区塑料交易所开始试运作，为会员企业提供货物交易、报关、仓储、结算、融资、信息咨询等配套服。

    6月9日，市委副书记邓大荣到我区调研，了解我区今年以来经济发展情况和申报区位调整并转型升级为综合保税区的进展情况。

    7月25日，为表彰具有杰出成就及重大社会贡献的优秀华人，由盛世中华协会及香港《大公报》主办的“盛世华人2009”、“优秀中华人物”暨国际美洲大学毕业典礼在香港大学研究生堂隆重举行。汕头卜高通美实业有限公司投资创办人——香港卜高通美有限公司董事总经理黄楚祺先生，荣获“盛世华人2009”奖项暨“国际美洲大学荣誉博士学位”。

    8月4日，广东省人民政府向国务院上报《关于汕头保税区区位调整并转型为综合保税区的请示》，随后国务院批转海关总署牵头征求有关部委意见。

    9月30日，在新中国60华诞前夕，保税区机关举行“祖国颂、大家唱”歌咏比赛，机关直属各部门和驻区单位参加了比赛，用歌声表达对党的事业的忠诚、对祖国母亲的热爱和对未来美好生活的憧憬。

    11月10日，万顺公司被广东省科技厅、财政厅、国税局、地税局联合认定为“国家高新技术企业”。

    11月15日，汕头保税区共有4个项目参加“闽粤赣十三市党政领导第十四次联席会议暨2009汕头招商引资经贸活动”的项目签约仪式。这些项目是：汕头保税区海伟酒类交易市场、汕头保税区超声环保型高性能覆铜板生产技术改造项目、汕头保税区微晶石、石英石开发生产项目、汕头保税区湿法人工合成氟金云母粉扩建项目。

    11月16日，保税区在管委会大楼一楼礼堂隆重举行“2009年汕头招商引资经贸活动汕头保税区庆典仪式”，共有5个项目集中举行开工投产启动仪式。其中投产项目2个：汕头保税区塑料交易所开业、汕头卜高通美环保科技园投产；开工项目3个：汕头保税区环保生态型包装材料生产线扩建项目开工、汕头保税区填海区域市政设施建设项目、汕头保税区西电发电机组装配中心项目。

    12月10日，市政府召开新闻发布会，支持保税区引进设立酒类交易市场、打造酒类交易平台。

    12月26日，受海关总署委托，海关总署加贸司司长张皖生、调研员安保华一行在市委常委、常务副市长罗仰鹏，汕头海关副关长蔡少琼，市政府副秘书长陈新造的陪同下，就汕头保税区转型升级事宜进行实地调研。先后察看了广澳深水港区、综合保税区的新址和威尔信动力设备有限公司等，并听取汕头保税区区位调整并转型为综合保税区的工作汇报。张皖生表示，汕头保税区向综合保税区转型发展，对汕头特区继续深化改革开放，提高对外开放的广度和深度，实现科学发展也具有重要意义，海关总署将继续积极支持汕头保税区的转型升级工作。